За восемь веков своего существования монастырь Троодитисса дважды горел в лесных пожарах, но его вновь отстраивали. В 1585 г. монастырь сожгли турки, после чего он надолго опустел до начала XVIII века.
Монастырский храм был заново построен 1731 г., однако возвращение к монастыря прежней жизни заняло гораздо больше времени. Русский путешественник В. Григорович-Барский пишет, что 1735 г. застал здесь всего двух монахов.
В 1842 году в монастыре произошёл разрушительный пожар. Заново отстроенный монастырь Троодитиссы приобрёл современный вид.